Fu anche ideatore e principale sostenitore della compatibilità fra religione e scienza. Sviluppò la teoria degli equilibri punteggiati in cui si sostiene che i cambiamenti evolutivi avvengono in periodi di tempo relativamente brevi (su scala geologica) sotto l'impulso di stress ambientali. Per Gould il caso produce il nuovo, mentre la necessità, attraverso la selezione naturale, conserva l'adatto ed elimina l'inadatto. Si ammalò di cancro nel 1982, si sottopose a una terapia sperimentale e guarì completamente. Scrisse un importante articolo scientifico, che fu fonte di speranza per molti pazienti, sul suo caso. Gould fu un sostenitore dell'utilizzo terapeutico della cannabis.
Un ritratto di Stephen Jay Gould, fotografato da Kathy Chapman:
Un ritratto di Stephen Jay Gould, fotografato da Kathy Chapman:
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